Nakon napada JNA na Sloveniju i Hrvatsku u Spomen području Jasenovac više nije bilo posjetitelja, ali rad se i dalje redovito odvijao do sredine srpnja 1991. U suradnji s Muzejskim dokumentacijskim centrom iz Zagreba obavljeno je mikrofilmiranje svih inventarnih knjiga.
Muzejska građa Memorijalnog muzeja bila je pripremljena za evakuaciju, ali je prije njezinog sklanjanja na područje izvan ratnih djelovanja došlo do okupacije Spomen područja i mjesta Jasenovac 8. listopada 1991. Muzejska građa iz Jasenovca prenesena je u Bosansku Dubicu i dalje u Banja Luku. Do svibnja 1995. Spomen područje Jasenovac bilo je nedostupno muzejskim djelatnicima i službi zaštite spomenika.
U izvješću promatračke misije Europske zajednice koja je u svibnju 1994. obavila očevid stanja spomenika kulture i muzeja na okupiranom području Republike Hrvatske, navodi se da je Memorijalni muzej potpuno prazan i da nema informacija o muzejskoj građi Spomen područja Jasenovac te da spomenički prostor i spomenik u Jasenovcu nisu oštećeni.
Kula u Staroj Gradišci oštećena je s više projektila velike razorne moći tako da je na sjeveroistočnom dijelu urušena nosiva konstrukcija, svodovi prizemlja, kata i bočnih obzida i krovište.
Predstavnici Državne uprave za zaštitu kulturne i prirodne baštine Ministarstva kulture Republike Hrvatske, obišli su 17. svibnja 1995. Spomen područje Jasenovac te utvrdili da nedostaje cjelokupan muzejski fundus te da su zgrada Memorijalnog muzeja i spomenički prostor devastirani.