"Ja sam 'Jasenovačkim cvijetom' obilježio život – strašan je zločin koji se u Jasenovcu događao, ali je važno prikazati i ono što će biti poslije." Bogdan Bogdanović
Povratom dijela otuđene muzejske građe i dokumentacije Spomen područja Jasenovac u prosincu 2001., intenziviran je rad u muzejskoj djelatnosti. Do veljače 2004. završena je revizija muzejske građe, što je omogućilo intenzivniji rad na izradi novog stalnog postava Memorijalnog muzeja JUSP Jasenovac. Osnovna ideja novog muzejskog postava bila je da se jasenovačkim stradalnicima, žrtvama i preživjelima vrati njihovo ljudsko dostojanstvo, da se oni kao osobe sačuvaju u sjećanju, da se kroz njihovu osobnu tragediju svakom posjetitelju predoči istina o jednom od najstrašnijih stratišta u hrvatskoj povijesti - ustaškom koncentracijskom logoru Jasenovac i poruka da se spriječi i zaustavi svaki oblik nasilja.
Treći stalni muzejski postav Memorijalnog muzeja JUSP Jasenovac otvoren je zajedno s Obrazovnim centrom 27. studenog 2006.
U Memorijalnom muzeju Spomen područja Jasenovac prikazane ljudske patnje i otpor zločinu su osobni, ali ne relativiziraju kolektivne povijesne strahote i ustaške zločine počinjene nad djecom, ženama i muškarcima, nad Srbima, Romima, Židovima, Hrvatima, Slovencima, Muslimanima, nad pripadnicima drugih naroda, vjerskih i ideoloških skupina, nego doprinose njihovoj konkretizaciji.
U Memorijalnom muzeju JUSP Jasenovac, na autentičnim prostorima bivših ustaških logora i stratišta, u Obrazovnom centru, osvještavaju se posljedice nijekanja ljudskog dostojanstva, a posebnim se programima mlade generacije neprekidno uči o nenasilju, demokraciji i ljudskim pravima.
Od otvorenja novog stalnog muzejskog postava evidentiran je povećan broj posjetitelja, osobito organiziranih grupa, od kojih su od posebne važnosti grupe učenika osnovnih i srednjih škola. Učenici i studenti dolaze sa svih strana: iz Hrvatske, Italije, Slovenije, SAD-a, Austrije, Švicarske, Ujedinjenog Kraljevstva, Srbije...
Četrdeset godina nakon osnivanja, JUSP Jasenovac sa svojom specifičnom arhitektonikom muzejskog postava i spomeničkim Cvijetom mjesto je promišljanja, učenja i istraživanja.
Republika Hrvatska postala je 2005. punopravni član Međunarodnog saveza za sjećanje na holokaust (International Holocaust Remembrance Alliance - IHRA). Spomen područje Jasenovac odabrano je od Ministrastva kulture RH da obrazovnim projektima o Holokaustu, genocidu i stradanju antifašista prezentira Republiku Hrvatsku u području kulture i obrazovanja. U realizaciji ovih projekata JUSP Jasenovac uspješno surađuje s Ministarstvom kulture i Ministarstvom znanosti i obrazovanja RH, odnosno s Agencijom za odgoj i obrazovanje.
U ovom razdoblju JUSP Jasenovac ponovo je pokrenulo izdavačku djelatnost putem biblioteka Kameni cvijet i Banalnost zla.
Uz stručne konzultacije s kustosima, muzejsku građu i dokumentaciju, kao i stručnu biblioteku JUSP Jasenovac koriste učenici, studenti, znanstvenici, publicisti i novinari za izradu seminarskih radova, referata, doktorata, novih knjiga, novinskih, radijskih i televizijskih reportaža.
Uvid u muzejsku građu i dokumentaciju pohranjenu u JUSP Jasenovac i njeno korištenje, sukladno muzejskim propisima RH, omogućeno je svima zainteresiranima.
Izlaganjem predmeta iz fundusa Spomen područja Jasenovac u drugim muzejima i institucijama (muzejska djelatnost), poučavanjem o genocidu, Holokaustu i stradanju antifašista u Drugom svjetskom ratu (obrazovna djelatnost), sudjelovanjem na seminarima i u radu IHRA-e, objavljivanjem Poimeničnog popisa žrtava koncentracijskog logora Jasenovac 1941.-1945., i uređenjem i održavanjem spomeničkih prostora i spomen obilježja bivšeg ustaškog koncentracijskog logora Jasenovac, Spomen područje Jasenovac postalo je prepoznatljivo u Republici Hrvatskoj i svijetu.
Bogdanu Bogdanoviću, autoru spomenika Cvijet i JUSP Jasenovac Fondacija Benetton dodijelila je 2007. međunarodnu nagradu "Carlo Scarpa" za najbolje arhitektonsko i umjetničko oblikovanje prostora.
U uvodu kataloga JUSP Jasenovac, izdanom povodom otvorenja novog muzejskog postava Memorijalnog muzeja i Obrazovnog centra Spomen područja Jasenovac, nekadašnji ministar kulture Božo Biškupić napisao je:
"Postoji li, više od pola stoljeća kasnije, mogućnost uspostavljanja civilizacijskog pomaka u vremenu koji bi učinio da povijest transcendira u semantiku i simbol koji nju samu ne bi prebrisao, niti bi osporavao sve ono što se uistinu dogodilo, već bi povijesnu tragediju natkrilio umjetničkom gestom i porukom za svačije dobro? Generacijske razlike, pluralitet i raznolikost hrvatskog društva ne daju jednostavan odgovor na ovakvo pitanje. Ali govor iz drugog kuta daje nam vidjeti da Spomen područje Jasenovac, sada s Memorijalnim muzejom i Obrazovnim centrom, postaje mjesto kreacije, ali i interpretacije i drugačijih načina, oblika i vrijednosti; da je to prostor koji otvara ne samo nove umjetničke odnose, već i nove komunikacijske odnose, kako u samom hrvatskom političkom i kulturnom kontekstu, tako i u međunarodnom... Ovaj spomen-prostor je postao mjesto preispitivanja, mjesto istraživanja, a najviše mjesto učenja novim generacijama, ali i mjestom očitovanja naše opredijeljenosti, daljnjih stručnih i znanstveno utemeljenih istraživanja o počinjenim zločinima i žrtvama u ustaškom logoru Jasenovac."