Na području Nezavisne Države Hrvatske tijekom 1941. i 1942. osnovano je oko trideset njemačkih, talijanskih i ustaških logora. Po svojoj namjeni i funkciji bili su uglavnom sabirni, tranzitni i iseljenički, a neki od njih radni i koncentracijski.
Od prosinca 1941. Nijemci su na području NDH imali pod svojom upravom Judenlager Semlin - Židovski logor u Zemunu, a od početka 1943. logore u Sisku, Vinkovcima i Jankomiru pokraj Zagreba.
U području pod talijanskom upravom bili su organizirani sabirni logori za Židove u Kraljevici, na otoku Braču, u gradu Hvaru te u Gružu, Kuparima i na Lopudu pokraj Dubrovnika.
Na teritoriju anektiranom i pripojenom Italiji nalazili su se fašistički logori za Hrvate, Srbe, Slovence i antifašiste (članove Komunističke partije Hrvatske i pripadnike Narodnooslobodilačkog pokreta) na otoku Molatu pokraj Zadra (osnovan u lipnju 1942.) i otoku Rabu (osnovan u srpnju 1942.).
Prvi ustaški koncentracijski logor u NDH, Danica osnovan je već 15. travnja 1941. pokraj Koprivnice.
Prve masovne likvidacije zatočenika ustaše su provodile u Jadovnu na Velebitu te u logorima Slana i Metajna na otoku Pagu, koji su bili dijelovi velebitsko-primorskog sustava ustaških koncentracijskih logora sa sjedištem u Gospiću. Djelovali su od sredine lipnja do 25. kolovoza 1941., kada su Talijani okupirali to područje NDH.
Uz koncentracijski logor Jasenovac, koji je najduže djelovao, a po broju zatočenika i prostoru koji je obuhvaćao bio najveći ustaški logor, osnovani su veliki logori u Krušćici pokraj Travnika, u Tenji pokraj Osijeka, u Đakovu, Loborgradu pokraj Zlatara i u Sisku.
Osnivanje i rad logora bili su u nadležnosti Ravnateljstva za javni red i sigurnost, koje je utemeljeno 7. svibnja 1941., odnosno Ureda III Ustaške nadzorne službe nakon njezina utemeljenja u kolovozu 1941.