Znatan broj Hrvata stradao je u ustaškim logorima. Među njima je bilo najviše onih koji su stradali kao zatočenici jasenovačkih logora smrti, posebice logora III Ciglana u Jasenovcu i logora Stara Gradiška.
Među prvim zatočenicima u logoru bili su Hrvati komunisti i antifašisti, koje su ustaše zatekli u zatvorima nakon preuzimanja vlasti. U logore su dovođeni na temelju Zakonske odredbe o nepoćudnim i pogibeljnim osobama.
Zatočenici koji su dovođeni u logor III Ciglana uglavnom su raspoređeni u radne skupine zajedno s ostalim zatočenicima.
U logoru Stara Gradiška, koji je prvobitno bio zamišljen kao ustaški logor za preodgoj političkih zatočenika Hrvata, u proljeće i ljeto 1942. u samicama – ćelijama smrti, umorene su glađu i žeđu dvije skupine zatočenika.
U logor su dovođene i skupine Hrvatica koje su u početku bile zatočene u Kuli, a nakon osnivanja tzv. Hrvatskog ženskog logora, u proljeće 1942. zajedno s Muslimankama odvojene su od ostalih zatočenica, Srpkinja i Židovki.
Znatan broj zatočenih Hrvata bili su intelektualci.
Tako su se između ostalih među zatočenicima našli: Vladko Maček, predsjednik Hrvatske seljačke stranke, književnici: Mihovil Pavlek Miškina, Ilija Jakovljević i Grgur Karlovčan; sveučilišni profesori: Antun Barac, Mirko Deančević, Ivo Ivančević, Marko Kostrenčić, Grga Novak, Fran Tućan; ravnatelj zagrebačke opere Krešimir Baranović, ravnatelj Sveučilišne knjižnice u Zagrebu Josip Badalić te mnogi drugi (pravnici, suci, političari itd.).
Među zatočenicima posebnu skupinu činili su komunisti i antifašisti, koji su bili aktivni u radu ilegalne logorske partijske organizacije i ekonomskih zajednica, dijeleći sudbinu ostalih zatočenika.