Stradanja Slovenaca u ustaškim logorima u neposrednoj su vezi s njemačkom okupacijom Slovenije 1941. Vođa SS-a Heinrich Himmler, odobrio je 18. travnja 1941. smjernice za iseljenje inorodnih elemenata na području Donje Štajerske, kojima je predviđena deportacija 260.000 Slovenaca
Na konferenciji u Zagrebu, 4. lipnja 1941, vlada Nezavisne Države Hrvatske dogovorila je s nacistima uključivanje u plan deportacije Slovenaca, na način da će iz NDH iseliti u Srbiju onoliko Srba koliko prihvati Slovenaca.
U prvom prognaničkom valu početkom srpnja 1941. nacisti su prognali u NDH 349 svećenika, za koje se obvezala skrbiti Zagrebačka nadbiskupija. Raspoređeni su po samostanima i župama u Slavonskoj Požegi, Đakovu i Zagorju.
U drugom valu prognanika koji je počeo 11. srpnja 1941. iz Slovenije je prognano u 21 željezničkom transportu, oko 9 800 njezinih građana. Svi, osim jednog transporta, smješteni su u Sabirnom logoru za izbjeglice u Slavonskoj Požegi. Ustaše su ih kasnije raselili u Bosnu i sjeverozapadne dijelove NDH.
Za Slovence koji su od ranije živjeli u Hrvatskoj, uspostavom NDH nastavljena je daljnja asimilacija i utiranje nacionalnog i kulturnog identiteta. Poduzeća u njihovu vlasništvu dobila su hrvatske nadzornike, a svi Slovenci s područja Zagreba morali su se u vremenu između 18. i 23. kolovoza 1941. prijaviti redarstvu radi obveznog popisa.
Proganjanja Slovenaca u NDH nisu bila utemeljena na nacionalnoj osnovi, već su temeljem Zakonske odredbe o upućivanju nepoćudnih i pogibeljnih osoba na prisilni boravak u sabirne i radne logore (od 25. studenog 1941.), kao protivnici ustaškog režima bili hapšeni i deportirani u logore u Jasenovcu, Staroj Gradišci i Lepoglavi.
Prema svjedočenjima preživjelih zatočenika, samo u logoru III Ciglana bilo je nekoliko stotina Slovenaca, od kojih je samo manji broj preživio.
U logoru Jasenovac ubijeni su 17/18. studenog 1942. godine slovenski katolički svećenici: Franjo Rihar, Franc Gobler (S. Juraj, Tabor, 1892), Frane Kač (Polzela, 1907), Janez Kodrič (Studenci, 1897), Anzelm Polak (Životice, Moravska, 1883), Janez Rančigaj (Gomilska, Celje, 1893). Jakob Sem (Radmirje, Savinjska dolina, 1908) ubijen je u rujnu 1942. godine, a Franc Orešnik (Jastrebina, Sv. Bolfenk, 1908) 9. siječnja 1945. godi.