Unutar logorskih žica i zidova, otpor se pružao izolaciji, dehumanizaciji, gladovanju i bolesti. Takav otpor je bio naizgled nevidljiv, ali je često spašavao osobu koja ga je prakticirala. Bilo kakav izravan otpor zatočenika bio je strogo kažnjavan, najčešće smrću. To se pretežito odnosilo na otvoren neposluh ili bijeg zatočenika, nakon kojeg bi često smrću bili kažnjeni ostali zatočenici iz njegove radne grupe.
Koliko god revno radio na tome, ustaškom režimu nije uspjelo u potpunosti uništiti različite vrste otpora u logoru Jasenovac, bilo pojedinačnog ili kolektivnog.
Kada je riječ o organiziranom otporu unutar logora, potrebno je napomenuti da je on prije svega podrazumijevao međusobno udruživanje zatočenika koje podrazumijeva komunikaciju i eventualnu akciju. Budući da su u logoru Stara Gradiška bili zatočeni većinom politički zatočenici, odnosno osobe koje su bile aktivne u komunističkom pokretu ili su mu na razne načine pomagale, organiziranje među zatočenicima bilo je nešto lakše nego u logoru Jasenovac. Organizirani otpor u logorima Jasenovac i Stara Gradiška prisutan je najprije u ekonomskim zajednicama, a zatim u tajnoj partijskoj organizaciji koja je djelovala u logoru.
Tijekom 1942., ekonomske zajednice dolaze pod okrilje komunističke partije i postaju nosioci raznih akcija otpora u logoru, a priljevom novih zatočenika priključuje se i veći broj članova. Prvi veliki udar na zajednicu izvršio je zapovjednik logora Stara Gradiška, Nikola Gadžić, koji je započeo obračun sa zatočenim komunistima. Krajem ožujka 1942. prva grupa od dvadeset komunista zatvorena je u samice i osuđena na smrt glađu i žeđu (tzv. ćelije smrti). Budući da se i nakon njihove smrti rad partijske logorske organizacije nastavio, odlučeno je da se u samice K-nastambe zatoči još veća grupa. Tako je 5. srpnja 1942. godine sazvan nastup na kojemu je izdvojeno još četrdeset i šest zatočenika. Dodatan razlog tom zatočenju bio je dolazak velike grupe zarobljenika s Kozare, za koje su se ustaše bojale da ne stupe u kontakt sa zatočenim komunistima što bi dovelo do širenja i jačanja partijske logorske organizacije.
Tako oslabljena, logorska partijska organizacija ipak je nastavila s radom i 1943. uspjela stupiti u kontakt s partizanskim odredima na Psunju i Kozari, te Odborom za pomoć logorima u Zagrebu. Glavni zadaci tajne organizacije bili su usmjereni na raspodjelu hrane među zatočenicima, podizanju morala, izvještavanju o naporima partizanskih jedinica u borbama (vijesti su zatočenici dobivali preko radioaparata kojeg su sastavili i skrivali u logoru Stara Gradiška), te organiziranju proboja.
Proboj zatočenika bio je izvediv tek na kraju rata, kada je postalo očito da ustaše sa svojim saveznicima gube rat.
Posljednja grupa od oko 700 žena likvidirana je u predvečerje 21. travnja 1945. Iste večeri iz Zapovjedništva logora naređeno je da se preostalih 1073 muškaraca prebaci u zgradu ženskog logora (u istočnom dijelu logora). Pošto su tijekom večeri izdvojeni i likvidirani svi grupnici, i pošto se među zatočenicima pretpostavljalo što bi se moglo dogoditi, oko 600 muškaraca predvođenih Antom Bakotićem odlučilo se u kišovito nedjeljno jutro 22. travnja 1945. na proboj iz logora. Proboj su preživjela 92 zatočenika.
Isti dan, samo nekoliko sati kasnije, započeo je i proboj zatočenika iz Kožare. Od njih 167 spasilo ih se samo 11.
„Jer, svi mi logoraši, lišeni svega, osim nade, nadali smo se da ćemo ipak jednom izaći iz tog pakla, a da bismo izašli, morali smo se držati na životu. Pothranjivali smo se nadom i ulijevali je jedni drugome. Svaki pucanj na Kozari, svaka vijest o uspjesima naših u Bosni i drugim dijelovima naše zemlje, te vijesti sa savezničkih bojišta, davale su nam snage da izdržimo i nepodnošljivo. Najvažnije je stoga bilo jednostavno preživjeti.“
Daniel Kovačević, Prvi dan u logoru Jasenovac, Riječi koje nisu zaklane V, Jasenovac: Spomen-područje Jasenovac, Biblioteka Poruke, 1986., str. 134-135.